En julio de 2005, la Congregación para la Educación Católica se planteó que los centros universitarios de la Iglesia entrasen en un proceso de evaluación de la calidad de enseñanza. Dos años antes, la Santa Sede se había adherido al llamado «Proceso de Bolonia», en el cual está inmerso nuestro Centro y nuestra Universidad.
Para ello, la Secretaría de Estado creó el 19 de septiembre de 2007 la Agencia para la verificación y la promoción de la calidad (AVEPRO), que con autonomía propia trabaja con la Congregación de la Educación Católica, de acuerdo con los artículos 186 y 190-191 de la Constitución Apostólica Pastor Bonus. Dicha agencia se encarga de hacer las evaluaciones externas de las Facultades de Teología y cada Facultad realiza las evaluaciones de sus centros afiliados e integrados. Nuestro Centro se sometió satisfactoriamente a este proceso de evaluación en 2010. Advertidas nuestras fortalezas y debilidades, se elaboró el respectivo Plan de Mejora, aprobado en marzo de 2011, y en el que ha trabajado en estos últimos años.
En 2016, se participó en la VI edición del Maratón Solidario de Comunicación Corporativa, organizado por la USJ. En dicha iniciativa, importantes consultores especializados en comunicación y marketing de Zaragoza, tras una evaluación previa, brindan asesoramiento en materia de comunicación y marketing a las organizaciones seleccionadas, destacando sus puntos fuertes y ayudando en la elaboración de un plan de acción para solventar las carencias detectadas.
A la sazón, la aprobación de la agregación del CRETA a la Facultad de Teología de la UPSA (2016) llevó consigo un proceso serio y renovado de evaluación en el que intervino la Universidad Agregante, la Subcomisión de Universidades de la Conferencia Episcopal Española y la propia Congregación para la Educación Católica. Ante el nuevo estatuto del CRETA se está trabajando en un nuevo Reglamento de Régimen Interno y la respuesta del Centro a los nuevos retos que plantea la agregación, que desembocarán en un renovado Plan de Mejora.
Por otra parte, nuestras titulaciones universitarias son ofrecidas y supervisadas regularmente por la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia de Salamanca, garantía de tradición teológica y apuesta por la excelencia y la calidad.